Missile Defense, şehirleri hiç durmadan yağan düşman füzelerinden koruman gereken basit ancak bağımlılık yaratıcı bir arcade oyunudur. Bunun için, en etkili şekilde kullanmak için yönetimi sana ait üç füzesavar bataryasının başındasın. Şehirleri korumanın yanı sıra, füzesavar bataryalarını düşmanın yok etmesini de engellemelisin. Bu oyun, ekrana dokunup füzelerinin yönünü belirleyerek oynanır.

Düşman füzelerinin yönünü ve hangi araçları hedef alabileceklerini öngörmen gerekir. Her seviyenin başında sahip olduğun füze sayısı sınırlıdır ve sonraki seviyeye geçmek için bunları etkin şekilde kullanman gerekir. Her seviyeyi geçmek için tüm düşman füzelerini yok etmen gerekir. Oyun boyunca, çeşitli bonuslar kazanacaksın. Örneğin, bir dizi füze veya şehrini onarmak için araçlar alabilirsin.

Oyun, zorluğu gitgide artan seviyeler şeklinde düzenlenmiştir ve her seviyede belirli sayıda düşman füzesiyle karşılaşırsın. Çocukken Missile Commander (veya Missile Comand) oynamayı seviyorsan, Missile Defense'i de seveceğine emin olabilirsin.