MobaXterm uzak bir sunucuya bağlanma konusunda Putty benzeri bir iş çıkarma, dosya kopyalama ve silme gibi işlemlerde Winscp benzeri çalışmaktadır. Ayrıca MobaXterm'i değişik yapan bir özellik ise bağlanılan makinede kurulu olan bir yazılımı çalıştırarak bu yazılımın client tarafta kurulu olmasına gerek olmadan çalıştırabilme yeteneğidir.